L’OMAOC a tissé, avec succès, des liens d’étroite collaboration avec un large éventail de partenaires extérieurs. Au nombre des principales organisations partenaires figurent : l’Union Européenne, l’Agence Canadienne pour le Développement Industriel (ACDI), le Fonds d’Aide et de Coopération (FAC/France), l’Administration Générale de Coopération au Développement (Belgique), le Gouvernement d’Islande et l’Agence Coréenne de Coopération Internationale (KOICA). L’OMAOC s’est également attelée à soutenir l’exécution et la poursuite de certains projets de développement, même après l’arrivée à terme des financements extérieurs, en améliorant la manière d’organiser et de financer leur planification et exécution.

Des exemples de méthodes d’organisation et de financement, de planification et d’exécution de récents projets de coopération technique et d’organisation internationales partenaires sont, entre autres :
-  La libéralisation/privatisation des services de transport maritime, la restructuration des conseils des chargeurs en vue de les organiser davantage vers la fourniture de services, la participation du secteur privé aux opérations portuaires. 

La Banque Mondiale, dans le cadre du Programme de Politique des Transports en Afrique Sub-saharienne.
-  L’efficacité des Académies maritimes, la sécurité maritime et la protection de l’environnement, les procédures de mise en œuvre du Contrôle de l’Etat du Pavillon par l’Etat du Port, la facilitation du transport maritime.Organisation Maritime Internationale (OMI)

- Un Système d’Informations de pointe sur les Marchandises (SIAM), l’Informatisation des Procédures Douanières (ASYCUDA) et les réseaux de transport multimodal. Conférence des Nations Unies pour le Commerce et le Développement  (CNUCED)

- La promotion des investissements dans le domaine des prestations de cabotage et de ports. Commission Economique pour l’Afrique (CEA) et Communauté Economique des Etats de l’Afrique de l’Ouest (CEDEAO)

- La mise en œuvre du Programme d’Action d’Almaty sur le transport de transit fixant les besoins spécifiques des pays en développement sans littoral. - Bureau du Haut Représentant des Nations Unies pour les pays les moins développés; 

- Bureau des Nations Unies pour les pays en développement sans littoral et les petites îles/Etats en développement;-  La promotion de la Charte Maritime Africaine qui offre un cadre pour la réalisation des objectifs maritimes contenus dans le projet de création d’une Communauté Maritime africaine. Union Africaine (UA)